目前我国食品冷链物流的发展还面临着三大困境，任何个人或企业想要进入这一领域，都必须首先考虑这三个问题。
其一，食品产业是低附加值产业。冷链物流对于仓库及运输车辆的高要求，使冷链物流的成本远高于普通物流，徐纵纵指出，医药冷链物流之所以发展较为领先，主要就是因为医药产业的附加值较高。然而尽管如此，就大智慧通讯社前期采访获知，我国医药冷链物流的净利率也仅在1到1.5左右。
其二，成本回收存在周期。徐纵纵表示，食品冷链的成本回收期基本集中在夏季，而在温度较低季节，冷链运输车基本也只能作为普通运输车使用。今年上海的超长夏天为食品冷链物流带来了较大收益，但企业也不得不考虑是否能够承受一年中可能有大半时间都无法回收在冷链方面所做的投资。
其三，我国冷链物流的终端客户还不成熟，在货物转接时无法实现“冷对冷”对接。而冷藏车辆在露天开门带来的能源消耗，会大大增加电费等运行成本。快行线食品物流有限公司董事长刘培军也称，许多生鲜产品，如蔬菜等，一方面生产端没有进行田间的降温处理，另一方面消费者在收到货物后也不会及时进行冷藏，一旦出现质量问题，责任的界定极难进行。
刘培军笑言，目前我国冷链物流行业的状况，可以说是“远看是蓝海，近看还是蓝海，扑通一笑跳进去，才发现原来早已是红海。”
徐纵纵则进一步指出，虽然生鲜电商的快速发展为冷链物流带来了极大的商机，但与此同时电商也给物流带来了极高的要求，第三方冷链物流在满足电商在安全性、快捷性上，还有很长的道路要走。
